Дослідники виявляють два класи генетичних причин дитячої хордоми

Мало відомо про генетику та біологію хордоми, рідкісної та агресивної пухлини кістки. Хордоми зустрічаються приблизно в одного з мільйона людей у ​​США на рік, і лише п’ять відсотків із них у дітей. Ці пухлини можуть виникати в будь-якій частині хребта у дорослих. Однак у дітей ці пухлини виникають переважно в основі черепа, що робить повне хірургічне видалення складним або неможливим. Будь-які залишки пухлини лікуються високими дозами радіації, що може завдати значної шкоди мозку, що розвивається.

Перегляньте записи заходів, що завершились та слідкуйте за появою нових в межах проєкту Ortho Trauma Friday 

Команда дослідників під керівництвом Сяову Гая, доктора філософії та Жаклін Бігель, доктора філософії, FACMG, із Центру персоналізованої медицини при дитячій лікарні Лос-Анджелеса, нещодавно опублікувала геномне дослідження, яке виявило два класи генетичних причин хордоми у дітей шляхом проведення деякої геномної роботи.

Пошук причин, що викликають різні підтипи хордоми, може призвести до розробки кращих стратегій лікування дітей. Попередні дослідження проводилися в основному на дорослих, і ми знаємо, що дитячі пухлини можуть проявлятися та поводитися по-різному.

Катріна О'Галлоран, доктор медичних наук, дитячий нейроонколог і перший автор дослідження

Наприклад, педіатричні солідні пухлини, швидше за все, викликані основними змінами зародкової лінії, змінами, які можуть передаватися майбутнім поколінням, що підвищує ризик раку.

Кілька генетичних підказок

Попередні дослідження хордоми показали, що первинним генетичним дефектом одного підтипу захворювання, низькодиференційованої педіатричної хордоми, є втрата SMARCB1,  гена, який кодує ключовий член комплексу ремоделювання хроматину SWI/SNF, який є групою білків, які асоціюють, щоб змінити спосіб упаковки ДНК у клітині. Хоча були виявлені додаткові генетичні фактори ризику та соматичні (набуті) мутації, виявлені в пухлинах інших підтипів, не було загального біологічного механізму, що з’єднує всі ці варіанти. Крім того, попередні геномні дослідження хордоми були зосереджені лише на геномі ядерної ДНК, повністю ігноруючи геном мітохондріальної ДНК.

Погляд за межі геному ядерної ДНК і ядерно-кодованих генів

Дослідницька група CHLA раніше визначила та опублікувала сильні причинно-наслідкові та сприяючі ролі варіантів мітохондріальної ДНК у різноманітних педіатричних онкологічних захворюваннях. У цьому дослідженні вони провели подвійне геномне дослідження шляхом секвенування кодуючих областей (екзонів) усіх генів у геномі ядерної ДНК, а також усього геному мітохондріальної ДНК 29 зразків пухлини хордоми від 23 педіатричних пацієнтів. Через рідкість хордоми ці зразки були надані шістьма різними академічними медичними центрами по всій країні. Щоб визначити, чи унікальні їхні висновки для педіатричної хордоми, співавтор Хесамедін Хакімджаваді, доктор філософії, науковець із клінічної біоінформатики в CHLA, проаналізував набори даних секвенування повного геному 93 хордом і відповідних їм нормальних тканин, отриманих із групи з 80 дорослих черепів пацієнтів з хордомою основи.

Перегляньте записи:

Аберантні мітохондрії та мітохондрії

Було показано, що пухлини у п’яти з 23 пацієнтів з хордомою у дітей (22%) містять короткі вставки та делеції (інделі) в гені ARID1B . Такі ж мутації були виявлені в нормальній тканині одного з п'яти пацієнтів. Комп’ютерні дослідження продемонстрували високу ймовірність того, що вони були зародкового походження в решти пацієнтів, залучаючи їх до факторів ризику педіатричної хордоми.

Значна частина дорослих пацієнтів з хордомою (5%) мали порівнянний успадкований ARID1B indels. Хоча це була менша кількість, ніж у педіатричних пацієнтів з хордомою, вона все одно була значно вищою, ніж повідомлялося в загальній популяції. Ген ARID1B кодує член комплексу SWI/SNF, подібний до SMARCB1.

«Ці висновки вказують на загальний шлях захворювання в різних підтипах хордоми, який може змінювати експресію генів через дефекти комплексу ремоделювання хроматину SWI/SNF», — каже д-р Жаклін Бігель, директор Центру персоналізованої медицини та старший автор дослідження. Дослідницька група також виявила значну кількість мутацій мітохондріальної ДНК (мтДНК) у зразках педіатричної хордоми. Ці мутації були особливо збагачені NADH (гени мітохондріального комплексу 1). Аналіз даних когорти дорослих хордом виявив подібні зміни мтДНК у генах комплексу 1.

«Це дослідження вказує на потенційну взаємодію ремоделювання хроматину та мітохондріального метаболізму в генезі хордоми», — говорить доктор Гай, директор відділу біоінформатики Центру персоналізованої медицини та старший автор дослідження. «Тому буде надзвичайно цікаво зрозуміти, як це може стимулювати ріст цих пухлин. Розгадування цього може стати вирішальним першим кроком для розробки більш цілеспрямованої та ефективної терапії хордоми як у дітей, так і у дорослих».

ДЖЕРЕЛО: https://www.news-medical.net

На платформі Accemedin багато цікавих заходів! Аби не пропустити їх, підписуйтесь на наші сторінки! Facebook. Telegram. Viber. Instagram.